主要病害：①猝倒病：病原菌潜伏在种子内部。②立枯病：菌丝体潜伏在种子内部，菌核附着在种子表面。③辣椒炭疽病：孢子附着在种子表面。④辣椒细菌性斑点病：细菌附着在种子表面。⑤辣椒病毒病：病毒存在于种子表面。⑥辣椒绵疫病：存在于种子内部。⑦辣椒黄萎病：存在于种子内部。

    防治方法：1、温汤浸种    用60℃的热水浸种，水量为种子量的3-4倍，先将种子缓缓倒入，边倒边搅拌，待温度降到25℃-30℃ 时，浸12小时，此法对种子传播的病害都有控制作用。2、硫酸锌浸种　用浓度为0.2%-0.4％的硫酸锌溶液，在20℃-25℃条件下浸种12小时，此法对辣椒病毒病有抑制作用。3、磷酸三钠浸种　先将种子放入清水，浸泡3-4小时，然后移入10%的酸磷三钠的溶液中浸泡30分钟，取出后用清水冲洗干净，此法可杀死或钝化辣椒病毒病。4、硫酸铜浸种　先将种子用清水浸10-12小时再用1.25％的硫酸铜液浸泡5分钟，取出后用清水洗净，此法可防甜椒炭疽病和细菌性角斑病。5、多菌灵浸种　用冷水浸种3-4小时后再移入50％多菌灵可湿性粉剂500倍液中浸1小时，用清水洗净，可杀死或钝化辣椒病毒。 6、次氯酸钠浸种　用1％的次氯酸钠液浸种5-10分钟后用清水洗净，可防辣椒疫病、黄萎病和炭疽病等。