番茄在秋季设施栽培中占有很大比重，病害是影响秋番茄丰产优质的主要障碍，做好秋番茄病害防控至关重要。
　　病毒病
　　为秋季设施番茄的突出病害，毒源有番茄黄化曲叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒，田间可因几种毒源混合侵染造成多种病毒病混合发生。应采用遮阳网、防虫网降低棚温及阻隔粉虱、蚜虫、蓟马等传毒害虫；及时中耕，促进根系发育；根据植株及天气情况合理浇水，防止徒长；注意平衡施肥，防止早衰，增强抗病性；田间操作时不要吸烟，整枝打杈时先整健株后整病株，接触过病株的手要用肥皂水洗净；适时采用色板、药剂防治传毒害虫。
　　晚疫病
　　是番茄的毁灭性病害，具有起病急、蔓延流行迅速的特点，一旦发病，若不及时合理防治，短时间内即可扩展至全棚导致拉秧。应注意放风、调温控湿，避免叶面结露或形成水膜；避免浇水后遇阴雨天，发病后适当控制浇水；发现病株选用72%霜脲锰锌可湿性粉剂、68%精甲霜锰锌水分散粒剂、52.5%唑菌酮霜脲氰水分散粒剂、25%嘧菌酯悬浮剂、寡雄腐霉可湿性粉剂(勿与化学农药同用，应上午或傍晚喷施，不宜在阳光暴晒或雨前施用)等药剂喷雾。尽量采用常温烟雾施药防治。
　　叶霉病、早疫病
　　发病重时可造成叶片干枯及减产。应合理调温控湿，避免浇水后遇阴雨天，发病后适当控制浇水；发病初期选用40%氟硅唑乳油、10%苯醚甲环唑水分散粒剂、47%春雷霉素王铜可湿性粉剂、寡雄腐霉可湿性粉剂(注意事项同上)等药剂喷雾。发病前可用硫磺熏蒸器定期熏蒸预防