番茄苗的适宜分苗次数为1~2次，以1次最为普遍。番茄苗不宜进行多次分苗的主要原因是：
　　减少伤根因为分苗次数越多，对根系的伤害也就越重，容易造成根系过早老化。
　　避免形成老化苗分苗次数过多后，根群始终得不到充分扩展，吸收能力较弱，将会导致幼苗因营养供应不足而生长受到抑制，当幼苗受抑制的时间过长后，便会形成老化苗。
　　避免延长育苗期实践证明，番茄每分一次苗，由于分苗前的炼苗以及栽苗后的缓苗原因，培育出同样大小的番茄苗，育苗时间就要相应延长5~8天，在环境条件不适宜时，延长的时间还要长。
　　减少对番茄苗的其它伤害如分苗过程中小苗容易受到饥饿伤害。在花芽分化期里进行分苗，会对花芽分化产生不良影响。