番茄病虫害分为两大类，一类是有病原菌侵害的侵染性病害，一类是没有病原菌侵害的生理性病害。
　　一、侵染性病害
　　1、番茄灰霉病：危害花、果、叶及茎，一般花部先被侵染，然后向果面扩展，致使果面呈灰白色，变软腐烂，长出大量灰绿色霉层;叶片多从叶尖开始发病，病斑呈“V”字形向内扩展，初呈水渍状，后逐渐干枯并发生灰霉，终致叶片枯死;茎染病，开始呈水浸状小斑点，后扩展为长椭圆形或长条形斑，湿度大时病斑上长出灰褐色霉层。
　　防治措施：(1)加强管理，采用通风、放风、滴灌等措施降低棚内湿度，防止结露。(2)人工摘除病果、病叶和侧枝，带出棚外深埋处理，防止人为传播病菌。(3)发病初期喷50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍液，或40%施佳乐悬浮剂1000倍液，或2.5%适乐时1500倍液等，在连阴雪雾天气下，可采用烟雾剂熏蒸，降低棚内湿度。
　　2、番茄叶霉病：危害叶片，使叶面产生椭圆形或不规则形淡黄色退绿斑，叶背面初生白色霉层，后变为灰褐色或黑褐绒毛状。病情严重时，叶片卷曲，植株干枯，果实不能正常着色，成熟。
　　防治措施：(1)采用通风换气等措施控制湿度，抑制病害发生。(2)发病初期采用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或10%世高水分散粒剂800～1500倍液喷雾。连阴天气用烟雾剂熏蒸效果较好，可用45%百菌清烟剂每667平方米250克，熏一夜即可，次日清晨放风。
　　3、番茄早疫病：又叫轮纹病，苗期至成株期均可染病，可危害叶、茎、花、果。叶片染病，初呈小黑点，后发展为不断扩展的轮纹斑，边缘多具浅绿色或黄色晕环，中部呈同心轮纹;茎部染病，多在分枝处产生褐色至深褐色不规则圆形或椭圆形病斑，表面生长灰黑色霉状物;青果被害，始于花萼附近，初为椭圆形褐色或黑色斑，凹陷，直径10～20毫米，后期果实开裂，病部较硬，密生黑色霉层。
　　防治措施：(1)调节棚内温湿度，使相对湿度低于80%，抑制病害发生。(2)发病初期喷10%世高水分散粒剂1000～1500倍液。
　　4、番茄晚疫病：幼苗、叶、茎和果均可受害，以叶和青果为主。叶片多以植株下部叶尖或叶缘开始发病，初为暗绿色水浸状不规则形病斑，扩大后转为褐色，高湿时叶背病健交界处长出白霉;茎上病斑是黑褐色腐败状，导致植株萎蔫;果实染病以青果为主，病斑初呈油浸状暗绿色，后变为暗褐色边缘明显，云纹不规则，一般不变软，湿度大时，上生少量白霉，迅速腐烂。
　　防治措施：(1)控制湿度，抑制病害发生。(2)发现病株后，可用10%科佳悬浮剂2000倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，或72%克抗灵可湿性粉剂600～800倍液喷雾防治。也可用45%百菌清烟剂每667平方米250克熏蒸。
　　5、番茄茎基腐病：主要危害大苗或定植后番茄的茎基部，病部初呈暗绿色，后绕茎基或根茎扩展，致皮层腐烂，地上部叶变黄。后期病部表面形成黑褐色大小不一的菌核。
　　防治措施：(1)做好苗床的土壤消毒工作。(2)定植后发病初期用72.2%普力克水剂800倍液，或15%恶霉灵水剂450倍液喷淋。
　　6、病毒病：番茄病毒病主要有3科，表现类型：一是蕨叶型，番茄小叶退化，形似蕨叶，叶肉薄，叶缘向上呈筒状卷起，节间变短，枝叶丛生，生长受限;二是花叶型，叶片上有轻微斑驳或明显花叶，新叶小，叶脉紫色，植株短小，果面有花斑;三是条斑型，叶片染病后产生茶褐色小点或云纹，病茎初生暗绿色稍下凹的短条纹，随着病情发展，形成褐色油渍状坏死病斑。果实受害后表现为畸形，有油渍状凹陷坏死斑，失去食用价值。
　　防治措施：(1)选种抗病毒病品种，药剂浸种、培育健苗壮株、防蚜灭蚜、清理田园。(2)早发现、早隔离。管理上要采取隔离措施，在进行绑蔓、打杈等植株调整作业时，对病株可暂不管理，先处理正常株，最后再处理病株，避免人为传播。(3)常用的药剂0.5%氨基寡糖素水剂、高锰酸钾、抗毒剂1号和菌毒清等。喷药时对病株(区)要重点喷施，实行隔离管理。
　　二、生理性病害
　　1、番茄裂果病：裂果有三种，放射性裂果，以果蒂为中心向果肩部延伸，呈放射性深裂;环状裂果，以果蒂为园心，呈环状浅裂，多在果实成熟前出现;条纹裂果，在顶花痕部，呈不规则条状开裂。
　　防治措施：(1)选择不易裂果的品种。(2)在果实着色期合理灌水，避免土壤水分忽干忽湿，特别是应防久旱后过湿。(3)番茄果实最好不要受太阳直射，一定要保留果实上面的叶子，摘心不可过早。
　　2、日灼：日灼病又名日伤病，主要危害果实。果实向阳面呈有光泽，似透明薄质状，后变黄褐色的斑块。有的出现皱纹，干缩变硬而凹陷，果肉变成褐色，块状。当日灼部位受病菌侵染或寄生时，长出黑霉或腐烂。
　　防治措施：增施有机肥，增强土壤保水力。(2)在绑蔓时应将果实隐藏在叶片间，减弱阳光直射;摘心时，要在最顶层花序上留2～3片叶子，以利覆盖果实，减少日灼病的发生。
　　3、番茄空洞果：
　　空洞果是指果皮与果肉胶状物之间是空洞的果实。从外表面看空洞果，横断面大多呈多角型，切开果实后可以看到胎座发育不良，果皮、隔层很薄看不见种子。
　　防治措施：(1)肥水管理要适当，采用配方施肥技术，合理分配氮、磷、钾，使营养生长与生殖生长相协调。(2)正确使用生长调节剂，掌握处理花朵的时间和浓度。沾花时，浓度要准确，不要重复沾花。(3)温度要适宜，第一花穗花芽分化前后，要通过调温，避免持续10℃以下的低温出现，开花期要避免35℃以上的高温对受精危害，促进胎座的正常发育。
　　4、番茄畸形果：番茄在低温、光照不足、肥水管理不当、植物生长调节剂使用不当时，根冠比例失调，花器和果实不能充分发育，出现尖顶果、突指果、大脐果、椭圆形果或多心室的畸形果。
　　防治措施：(1)育苗时，花芽分化前后要加强管理，避免育苗期间的持续低温，夜温要在8℃以上。(2)注意施肥，避免氮肥施用过多，同时要避免苗床过于潮湿。(3)合理使用生长调节剂，幼苗出现徒长时，勿过分降温、控水。
　　5、番茄脐腐病：又名蒂腐病，本病多发生于果实迅速膨大期的幼果上。初在幼果脐部出现水浸状斑后逐渐扩大，到果实顶部凹陷、变褐、并且变硬。
　　防治措施：(1)要着重抓好水肥管理，结果期浇水要均匀，时间在上午进行，经常保持土壤湿润。(2)根外追施钙肥，番茄座果1个月内是吸收钙的关键时期，可喷洒1%的过磷酸钙浸出液，隔10天喷1次，连续喷洒3次。