科技人员经过多年的试验，总结出一套综合防治番茄脐腐病的有效方法：
　　一是控制氮肥施用量，番茄底肥用腐熟的有机肥加磷钾化肥。
　　二是合理灌溉。在第一穗果膨大前要控水促根，在番茄果实膨大期及时适量灌溉，保持土壤湿润而不积墒过多或通气不良。
　　三是叶面补钙和根部补钙相结合。叶面补钙是从第一穗花期开始，每隔一周喷一次0.5%-1%的硝酸钙。根部补钙是在基肥中施用普钙或施硝酸钙10公斤/亩。