畸形果是棚室番茄栽培中的主要生理病害之一，它直接影响着商品的产量和品质,决定着菜农的经济效益。为此,要明确番茄畸形果形成的原因,并相应的采取一些防止措施,减少番茄畸形果的形成。
　　一、畸形果的类型（1）变形果：此种果实在大棚早熟番茄生产中发生较普遍。其外观特征：番茄果实的结构没有很大变化，但形状不完整，有的呈椭圆形，有的为桃形。（2）脐裂果：此种果实在大棚早熟番茄早期果实中最常见。其外观特征：番茄果脐部位的果皮裂开，胎座组织及种子向外翻转或裸露。（3）瘤状果：此种果实发生较少见。其外观特征是在果实近萼片一端有瘤状起，其形如果。
　　二、畸形果形成的原因
　　1、花芽分化和发育时遇到连续5～6℃或3～4℃的低夜温，易产生畸形果，冬春茬西红柿1～2穗果易畸形多是此原因造成。
　　2、苗龄拉长，低温或干旱持续时间长，使幼苗长时间处在抑制生长条件下，花器易形成木栓化，后转入适宜条件下，木栓化组织不能适应正常组织的迅速生长，则形成裂果，籽外露果或疤果。
　　3、偏施氮肥，氮肥过多致使西红柿花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果；由于钙量不足，容易形成纵向及横向而形成开裂与脐腐果。
　　4、使用激素不当造成，为防止西红柿落花落果，常采用2，4-D或西红柿灵蘸花，但浓度掌握不准、重复蘸花、蘸花时温度高、土壤干旱等均容易产生西红柿畸形果，花未开展时蘸花也易产生空洞果。另外，秧苗发生徒长时，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，使秧苗控住，再蘸花时也易产生畸形果。
　　5、高温低湿，光照不足、花粉败育、受精不良等而形成空洞果。
　　6、病毒病引起的畸形果是危害性最大的一种，病毒分为花叶病毒、条斑病毒等几种，这几种病毒不仅会严重影响西红柿的开花坐果，已长大的果实也会变成花脸果、青皮果及生瘤，果面凹凸，丧失商品价值。
　　三、防治方法：
　　选用不易产生畸形果的品种，一般耐低温、弱光性强的品种，不易出现畸形果；加强育苗期的温、光调控和肥、水管理，特别是在花芽分化期，尤其是第一花序分化期，即发芽后25-30d、2-3片真叶时，要防止温度过低，一般夜温控制在12-16℃，白天温度25-28℃，以利花芽分化；避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥，使花芽分化及花器得到正常生长发育所需营养物质，防止分化出多心皮及形成带状扁形花而发育成畸形果；对于病毒病引起的畸形果重在预防。病毒病危害巨大，且无法根治，西红柿病毒病主要通过刺吸式害虫传播，棚室防治病毒病的关键在于防治蚜虫、叶蝉、粉虱等刺吸式害虫，以预防传播。注意点花激素类的2，4-D、防落素等在使用时要根据环境的变化不断调整浓度，浓度偏高往往是诱发果实畸形的主要原因，点花激素浓度主要视温度变化而变化，温度高浓度低，温度低浓度高。适时喷施叶面肥，或含硼、钙等复合肥。发生畸形果后要及时摘除，以利正常花、果的发育。